El Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Refugiados (ACNUR) es la agencia especializada en la asistencia y protección de las personas refugiadas. En Costa Rica el ACNUR tiene oficinas en San José y presencia en la frontera sur en Ciudad Neily. Trabaja de junto con el gobierno costarricense ofreciendo asistencia técnica para velar por los derechos de las personas refugiadas, e implementar programas e iniciativas por medio de ONGs que son sus agencias socias implementadoras, como lo son ACAI y RET.